役員
| 取締役会長 | 藤 洋作 |
| 取締役社長・所長 | 松村 孝夫 |
| 取締役・副所長 | 西井 洋 |
| 取締役 | 森 望 |
| 取締役 | 高畠 勇人 |
| 監査役 | 尾仲 直也 |
システム研究所長
| 社会システム研究所長 | 小泉 潤二 大阪大学名誉教授 |
| 技術システム研究所長 | 片岡 勲 大阪大学名誉教授 |
最高顧問
| 最高顧問 議長 | 近藤 駿介 | 東京大学名誉教授 東海大学国際原子力研究所所長 原子力発電環境整備機構（NUMO）相談役 |
| 最高顧問 | 井村 裕夫 | 京都大学名誉教授 元京都大学総長 （公財）神戸医療産業都市推進機構名誉理事長 |
| 最高顧問 | 中村 政雄 | 科学ジャーナリスト 元読売新聞論説委員 （公財）読売日本交響楽団評議員 |
| 最高顧問 | 福田 秀樹 | 神戸大学名誉教授 元神戸大学長 （独）大学改革支援・学位授与機構顧問 （公財）村田学術振興・教育財団理事 |
| 最高顧問 | 平野 俊夫 | 大阪大学名誉教授 元大阪大学総長 （公財）大阪国際がん治療財団理事長 |
歴代システム研究所長
| 社会システム研究所長 | 三隅 二不二 | 大阪大学名誉教授 | 1992.3.25～1998.4.1 |
| 糸魚川 直祐 | 大阪大学名誉教授 | 1998.4.1～2006.4.1 | |
| 直井 優 | 大阪大学名誉教授 | 2006.4.1～2011.9.30 | |
| 技術システム研究所長 | 西原 宏 | 京都大学名誉教授 | 1992.3.25～1999.4.1 |
| 木村 逸郎 | 京都大学名誉教授 | 1999.4.1～2009.4.1 | |
| 三島 嘉一郎 | 京都大学名誉教授 | 2009.4.1～2021.3.31 |